１　草創期（昭和２３年-２９年）

昭和２３年（１９４８年）５月１日
　創設（海上保安庁発足と同時に神戸海上保安本部発足）

昭和２４年（１９４９年）４月１日
　検査部の設置（船舶検査事務）

昭和２４年（１９４９年）５月
　勝浦水路観測所の設置

昭和２４年（１９４９年）６月１日
　海上保安庁組織規定制定に伴う組織改正
　（総務、警備救難、保安、掃海補給、水路灯台課で構成）

昭和２４年（１９４９年）１０月１日
　小松島、宿毛、勝浦海上保安署設置

昭和２５年（１９５０年）６月１日
　管区制移行に伴う組織改正（第五管区海上保安本部に改称）
　（総務、警備救難、海事検査、水路、灯台、航路啓開の６部で構成）

昭和２６年（１９５１年）９月１日
　本部警備救難部に通信所が設置

昭和２７年（１９５２年）４月２６日
　経理補給部の設置
　（総務、警備救難、海事検査、水路、灯台、航路啓開、経理補給部の７部で構成）

昭和２７年（１９５２年）８月１日
　船舶検査事務を海運局へ、航路啓開業務を保安庁へ移管

昭和２７年（１９５２年）１２月
　由良警備救難署の廃止

昭和２８年（１９５３年）８月１日
　管内２３カ所に航路標識事務所設置

昭和２９年（１９５４年）２月
　下里水路観測所の開設

昭和２９年（１９５４年）４月１日
　田辺海上保安部の設置

２　昭和３０年代

昭和３０年（１９５５年）７月１日
　本部灯台部に電波標識課を設置

昭和３０年（１９５５年）８月１日
　船舶技術部の設置
　（総務、警備救難、水路、灯台、経理補給、船舶技術部の６部で構成）

昭和３０年（１９５５年）８月２５日
　船舶技術部に工作所が設置

昭和３０年（１９５５年）１２月１日
　大阪海上保安監部に岸和田分室の設置

昭和３２年（１９５７年）４月１日
　本部警備救難部の再編成

昭和３２年（１９５７年）６月２１日
　高知海上保安部に土佐清水分室の設置

昭和３３年（１９５８年）２月１日
　神戸海上保安部に姫路分室の設置

昭和３４年（１９５９年）４月１日
　勝浦水路観測所が閉所（天文観測を下里に移管）

昭和３５年（１９６０年）１２月１日
　神戸海上保安部に尼崎分室の設置）

昭和３７年（１９６２年）１０月１日
　徳島海上保安部に日和佐分室の設置

昭和３８年（１９６３年）４月１日
　姫路分室が海上保安署に昇格
　和歌山海上保安署を下津海上保安署に改称

昭和３８年（１９６３年）５月１日
　大阪海上保安監部に堺分室の設置

昭和３８年（１９６３年）５月２０日
　田辺海上保安部に和歌山分室の設置

昭和３９年（１９６４年）５月２０日
　堺分室が海上保安署に昇格
　大阪海上保安監部レーダー所の設置

３　昭和４０年代

昭和４０年（１９６５年）４月１日
　岸和田分室が海上保安署に昇格

昭和４１年（１９６６年）４月１日
　土佐清水分室が海上保安署に昇格

昭和４４年（１９６９年）１２月１日
　八尾航空基地の設置

昭和４６年（１９７１年）４月１日
　神戸海上保安部に東播磨分室の設置
　本部総務部に職員相談室が設置
　本部警備救難部に海上公害監視センターが設置

昭和４７年（１９７２年）５月１日
　東播磨分室が海上保安署に昇格

昭和４８年（１９７３年）４月１日
　瀬戸内海東部統制通信事務所の設置

昭和４９年（１９７４年）４月１１日
　本部警備救難部に海上公害課が設置
　本部警備救難部に航行安全課が設置

４　昭和５０年代

昭和５０年（１９７５年）４月２日
　本部総務部に厚生課が設置

昭和５３年（１９７８年）３月
　下里水路観測所の地磁気観測部門が移転

昭和５４年（１９７９年）７月１９日
　第五管区海上保安本部庁舎の移転

昭和５５年（１９８０年）４月１日
　本部灯台部に浮標課が設置

昭和５６年（１９８１年）３月１９日
　下里水路観測所新庁舎が完成

昭和５８年（１９８３年）３月２３日
　日和佐分室に電報取扱所を開設

昭和５８年（１９８３年）３月２９日
　土佐清水海上保安署に電報取扱所を開設

５　昭和６０年代

昭和６０年（１９８５年）５月２２日
　田辺通信所が移転

昭和６０年（１９８５年）５月３１日
　神戸第2地方合同庁舎完成に伴う庁舎の移転

昭和６０年（１９８５年）１０月１日
　関西国際空港海上警備隊が発足？

昭和６２年（１９８７年）１月１日
　本部警備課に関西国際空港対策室が設置

昭和６３年（１９８８年）９月１日
　尼崎分室を西宮分室に改称

６　平成以降

平成２年（１９９０年）６月８日
　本部船舶技術部に機器課が設置
　本部灯台部に信号施設課が設置

平成５年（１９９３年）４月１日
　大阪湾海上交通センターの設置

平成６年（１９９４年）６月２４日
　関西空港海上警備救難部の設置？

平成６年（１９９４年）１０月１日
　本部警備課に国際犯罪対策室が設置

平成７年（１９９５年）１月１７日
　「阪神・淡路大震災」に伴う庁舎被災

平成７年（１９９５年）４月１日
　警備救難部に企画調整官が設置
　本部警備救難部に海上環境課が設置

平成８年（１９９６年）４月１日
　特殊警備隊の発足

平成８年（１９９６年）１０月１日
　本部救難課に海上災害対策室が設置

平成９年（１９９７年）５月１１日
　本部警備救難部に情報通信課が設置

平成１５年（２０１２年）４月１日
　瀬戸内海東部統制通信事務所を廃止
　本部庁舎内に第五管区情報通信管理センターを設置

平成１６年（２０１３年）４月１日
　神戸、姫路、淡路島、室戸岬、高知、土佐清水の各航路標識事務所を廃止し、　海上 保安部に業務集約統合瀬

平成１６年（２０１３年）１０月１日
　関西空港海上警備救難部と八尾航空基地を統合、関西空港海上保安航空基地を設置
　和歌山分室が保安部に昇格

平成１７年（２０１４年）４月１日
　西宮分室が西宮海上保安署に昇格
　和歌山、田辺、串本の各航路標識事務所を廃止、海上保安部に業務集約統合（航路標識事務所の全廃）

平成１９年（２０１６年）１月１日
　姫路海上保安署が姫路海上保安部に昇格
　東播磨海上保安署が神戸海上保安部から姫路海上保安部に所属替え

平成１９年（２０１６年）４月１日
　姫小松島海上保安部が徳島海上保安部に名称変更
　日和佐分室が美波分室に名称変更（徳島海上保安部所属）
　東播磨海上保安署が加古川海上保安署に名称変更
　下津海上保安署が海南海上保安署に名称変更