標準文書保存期間基準
| 総務部 | 経理補給部 | 船舶技術部 | 警備救難部 | 海洋情報部 | 交通部 |
| 総務課 | 経理課 | 管理課 | 警備課 | 管理課 | |
| 人事課 | 補給課 | 技術課 | 刑事課 | 海洋調査課 | |
| 厚生課 | 機器課 | 警備情報課 | 測量船うずしお | ||
| 情報通信課 | 国際刑事課 | ||||
| 救難課 | |||||
| 環境防災課 |
| 大阪海上保安監部 | 神戸海上保安部 | 姫路海上保安部 | 和歌山海上保安部 | 田辺海上保安部 | 徳島海上保安部 |
| 管理課 | 管理課 | 管理課 | 管理課 | 管理課 | 管理課 |
| 警備救難課 | 警備救難課 | 警備救難課 | 警備救難課 | 警備救難課 | 警備救難課 |
| 交通課 | 交通課 | 交通課 | 交通課 | 交通課 | 交通課 |
| 航行安全課 | 航行安全課 | 巡視艇ぬのびき | 巡視船きい | 巡視船みなべ | 巡視船よしの |
| 港内管制室 | 巡視艇はるなみ | 巡視艇ひめざくら | 巡視艇きいかぜ | 巡視船こうや | 巡視船びざん |
| 巡視船なにわ | 巡視艇ふどう | 巡視艇ひめぎく | 巡視船むろかぜ | 巡視艇うずかぜ | |
| 巡視船かつらぎ | 巡視艇あわぎり | 巡視艇さぎかぜ | |||
| 巡視艇よどぎく | 巡視艇まやざくら | 美波分室 | |||
| 巡視艇みおかぜ | 巡視艇きくかぜ | 巡視艇あしび | |||
| 巡視艇こまかぜ | 巡視艇しらぎく | ||||
| 巡視艇てるぎく | 巡視艇なだかぜ |
| 高知海上保安部 | 関西空港海上保安航空基地 | 大阪湾海上交通センター | 堺海上保安署 | 岸和田海上保安署 | 西宮海上保安署 |
| 管理課 | 管理課 | 企画課 | 巡視艇みのお | 巡視艇あやめ | 巡視艇しずかぜ |
| 警備救難課 | 警備救難課 | 整備課 | 巡視艇しぎかぜ | ||
| 交通課 | 飛行科 | 情報課 | |||
| 巡視船とさ | 整備科 | 運用管制課 | |||
| 巡視船うらど | 通信科 | ||||
| 巡視艇とさみずき | 巡視艇そらかぜ | ||||
| 巡視艇さのゆり |
| 加古川海上保安署 | 海南海上保安署 | 串本海上保安署 | 宿毛海上保安署 | 土佐清水海上保安署 | 下里水路観測所 |
| 巡視艇まやかぜ | 巡視艇わかづき | 巡視艇むろづき | 巡視船あらせ | 巡視艇とさつばき |