海上保安庁では、日本全国を11のブロックに分けて管轄しており、宮古島海上保安部は第十一管区に所属しています。

S47.10.01　平良海上保安署が開設
H19.04.01　宮古島海上保安署に改称
H25.08.07　巡視船みやこ　　呉くろせから配属替
H28.04.01　巡視艇なつづき　石垣から配属替
H28.04.01　巡視艇やえづき　石垣へ配属替
H28.10.01　宮古島海上保安部に昇格
H28.11.30　巡視船しもじ　　就役
H29.02.27　巡視船おおがみ　就役
H29.02.28　巡視船くりま　　就役
H29.03.01　長山港船艇用品庫完成
H29.11.15　巡視船しぎら　　就役
H30.02.28　巡視船ともり　　就役
H30.02.28　巡視船とぐち　　就役
H30.04.01　交通課新設
H30.04.02　巡視船のばる　　那覇へ配属替
H30.11.08　巡視船みやこ　　潜水指定船に指定替
H30.11.30　巡視船ひさまつ　就役
H30.12.25　巡視船みやこ
　　　　　　 巡視船はりみずに船名変更
H31.02.22　巡視船ながやま　就役
H31.02.22　巡視船まえはま　就役
R02.04.01　経理補給課新設
R02.06.29　訓練棟完成
R04.04.15　巡視船みやこ　　中城から配属替
R04.12.09　巡視艇なつづき　徳山へ配属替
R04.12.13　巡視船のばる　　那覇から配属替
R07.03.25　巡視船のばる　　宮崎くにみへ配属替え
R07.04.01　巡視艇さんだんか　串木野るりかぜから配属替

　治安の確保、領海・EEZを守る、生命を救う、青い海を守る、災害に備える、海上交通の安全を守る等のため、各課・各船艇で業務分担を行い、日夜励んでいます。

管理課では以下の業務を行っています。
　・職員の服務、給与、福利厚生業務
　・広報業務
　・地域連携業務
　　（イベント開催、地域行事への参加等）
　・学生募集活動

経理補給課では以下の業務を行っています。
　・宮古島海上保安部における契約手続き
　・所属船艇等に対する燃料・清水等の支援

警備救難課では以下の業務を行っています。
　・海上犯罪の取締り
　・密輸・密航の水際阻止
　　（外国船舶への立入検査等）
　・テロの未然防止
　 　 (関係機関との合同訓練等)
　・海難救助
　・海洋環境保全のための啓発活動
　　（講習会、図画コンクール等）
　・自然災害、油等流出災害への対応
　　（官民合同訓練等）

交通課では以下の業務を行っています。
　・ 海難防止啓発活動
　　（訪船指導、講習会等）
　・ 航路標識の保守管理
　・ 港長事務
　　（港則法の各種許可・届出受付等)
　・ 航行安全情報の提供