総務部

本部の窓口であるとともに、統括的な仕事を行う一方で、職員個々人に関する事務等の仕事をしています。

経理補給部

国有財産の管理や物品の購入等を行うほか予算に関する仕事をしています。

船舶技術部

巡視船艇、航空機及び搭載している機器等の整備や修理に関する仕事を行っています。

警備救難部

領海警備や海上犯罪の捜査、海難救助、海上災害への対応等に関する仕事を行っています。

海洋情報部

船の航海の安全に必要な海の調査を行い海図（海の地図）等を作成し、また航行警報等の情報提供を行っています。

交通部

船舶交通の安全を確保するため、各海域における安全対策、航路標識（灯台等）の建設・保守・運用、海の安全に関する情報提供を主とした仕事を行っています。