海上保安厅在日本周围海域进行对海洋污染行为的监视和取缔，并进行海洋环境保护指导，为保护海洋生态环境发挥着重要作用。

在油污损害发生率比较高的海域上重点进行监视和加强取缔体制，以便防止海上船舶、陆上工场或海岸工程等设备排放废油、含油污水等。

全国的海上保安厅下属机构备有污油回收装置等的清除设备，随时待命，以备重大溢油事故的发生。