機関科は、推進機関（エンジン）に関する業務を行い、航海に関する“動力”の役割を担います。

巡視船はこのエンジンが正常に動作することで、推進力を得ることが出来ます。

その他、燃料油の管理や、機関部の点検作業も重要な業務の一つです。