海上保安庁音楽隊の歴史は、海上保安庁が発足して間もない昭和２５年に遡ります。 大久保武雄初代海上保安庁長官の働き掛けにより、昭和２５年１１月、海上保安庁の庁議において音楽隊の結成が決定され、 昭和２６年３月、広報課に隊長以下３６名編成で設置されました。 隊員は、庁内職員を募ったほか、海軍軍楽隊出身者やその子息、高等学校新卒者などが新たに採用されました。 当時、海軍軍楽隊出身者など極一部の隊員を除いては殆ど素人であり、中には楽譜さえ読めない者もおり、また、満足な練習場もなく、 相当の苦労があったという記録が残されています。

　その後、昭和２７年４月２６日、海上保安庁法の一部改正が行われて、平時においてはもっぱら訓練を任務とし、 本来の海上保安庁の勢力に対し機動的予備隊のような性格もった海上警備隊が新たに付属機関として設置され、同年７月、 音楽隊は海上警備隊所属の「海上警備隊音楽隊」となりました。 さらに、昭和２７年８月１日、サンフランシスコ平和条約の発効に伴い、政府は「保安庁」を新たに設置し、海上警備隊の業務は保安庁に移管され、 これにより海上警備隊は海上保安庁から分離されました。 昭和２９年７月１日には防衛庁設置法が施行されて、保安庁は防衛庁へと生まれ変わり、初期の海上保安庁音楽隊は、 これらの組織改編に追随するように変遷を続け、現在の海上自衛隊東京音楽隊に引き継がれています。

　このように、音楽隊は、昭和２７年に海上警備隊へ移管されて以来、海上保安庁には存在していませんでした。 しかしながら、幾度にもわたる音楽隊設立に向けた検討とその機運の高まりを背景に、昭和６３年４月１日、海上保安庁創設４０周年を契機として、 長年の悲願とも言うべき海上保安庁音楽隊が３７年振りに再結成されました。 隊員は、全員荒れ狂う海でのレスキュー活動や海上犯罪の予防・鎮圧、捜査活動など現場第一線で活躍してきた海上保安官の中から選抜され、 本庁などにおいて、他の職員と同様に様々な分野の海上保安業務を行いながら、年間を通じて練習や演奏活動に励んでいます。 そして、音楽隊での任期が終了すると再び現場第一線へと帰っていきます。

　海上保安庁音楽隊は、「音楽の演奏を通じて国民との融和を図り、海上保安庁の広報活動の効果を高めるとともに、 当庁職員の士気の高揚を図ること」を目的に、吹奏楽の第一人者である稲垣征夫氏の技術指導・指揮のもと、「海上保安庁観閲式及び総合訓練」 などの海上保安庁の式典、平成６年から行っている「定期演奏会」といった当庁主催の演奏会、平成元年の昭和天皇「大喪の礼」や平成２年の 今上天皇「即位の礼祝賀御列の議」などの国家的行事での奏楽、その他国土交通関係のイベント、海の日に開催されるイベントなど多方面で演奏を行っています。