船舶運航システム課程及び情報システム課程については、このほか、希望と適性により、潜水士、特殊救難隊、国際取締官などに進むことができます。
海上保安学校の卒業生は、すべての課程において、所定の実務経験のあと、海上保安大学の特修科に進むことにより、将来幹部として活躍する道も開かれています。
| 船舶運航システム課程 航海コース（1年） 機関コース（1年） 主計コース（1年） |
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巡視船艇等 （警備救難業務） 航海士補・機関士補・ 主計士補 海上保安部署 係員 |
管区内転勤 主に巡視船艇や海上保安部署、海上交通センター等で勤務 |
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| 情報システム課程 （2年） |
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巡視船艇等 （警備救難業務） 通信士補 海上保安部交通課等 （海上交通業務） 係員 |
管区内転勤 巡視船艇や海上保安部、情報通信管理センター、海上交通センター等で勤務 |
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| 海洋科学課程 （1年） |
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本庁・管区本部 海洋情報部 （海洋情報業務） 係員 |
全国転勤 本庁や管区本部の海洋情報部、水路観測所等で勤務 |
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| 航空課程 （1年） |
航空研修 （固定翼・回転翼 （パイロット）） |
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航空基地 （警備救難業務） 飛行員 |
全国転勤 航空基地やヘリコプター搭載型巡視船等で勤務 |
希望と適性に より航空課程 以外の各課程 から選抜 |
航空研修 （整備） |
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航空基地 （警備救難業務） 整備員 |
全国転勤 航空基地やヘリコプター搭載型巡視船等で勤務 |
