海外では、平成13年9月11日に約3000人の犠牲者を出した米国同時多発テロ事件を受け、米英軍がアフガン攻撃を開始したり、イラク情勢、北朝鮮の核問題をめぐり世界が緊迫する中、爆弾テロ事件が発生するなど、テロは世界に拡散し続けた年でした。
日本では不況が続き、リストラを受ける国民が後を絶たない時代に、国内初の臨界事故の発生により、多くの被爆者の発生や、噴火等自然災害が続出し、また、株価の下落による日本経済の低迷があり、平成15年には景気が緩やかに回復傾向を示しましたが、少年・少女による凶悪犯罪が相次ぎ、そして平成16年には死傷者数約4900人、10万人以上が避難生活を余儀なくされた新潟県中越地震や鳥インフルエンザの発生により、国民に不安を与えていました。
海上保安庁では、平成11、12年に台湾籍の漁船による過去最高の覚せい剤密輸入事件や日本籍遊漁船大量覚せい剤密輸入事件、ベリーズ籍貨物船大量覚せい剤密輸入事件と密輸事件が相次ぐ中、平成12年4月1日に英文名を「JAPAN COAST GUARD」と変更し、その年の5月1日には緊急通報用電話番号「118番」が運用開始となりました。
平成13年12月22日には、九州南西海域において、巡視船に対し自動小銃やロケットランチャーによる攻撃を行ってきた工作船に対し、正当防衛射撃を行い、その後、該船は自爆し沈没するという出来事が起こりました。
平成16年6月12日には、海上保安庁潜水士を主人公とする初の映画「海猿」が劇場公開され、さらにテレビドラマ、映画「LIMIT OF LOVE海猿」へと続き、観客動員数500万人を超える大ヒットとなりました。
当本部では、平成15年4月に伊勢湾海上交通センターの運用が開始され、平成16年4月には、常滑海上保安署が運用開始となりました。
平成17年6月には、平成17年7月よりテレビドラマとして放送された「海猿 UMIZARU EVOLUTION」の主題歌となったB’z「OCEAN」のプロモーションビデオ撮影のために名古屋海上保安部所属船 巡視船みずほ船上において撮影が行われました。
また、平成18年4月には、東海統制通信事務所と第四管区海上保安本部情報通信課が統合し、第四管区情報通信管理センターが完成しました。
平成19年は、インドコースとガード長官、巡視船SAGAR及びアメリカコーストガード巡視船BOUTWELLが名古屋港に入港し、連携訓練及びスポーツ交流を通じて海外関係機関との連携・協力が図られました。
平成20年は海上保安制度創設60周年を記念してのイベントが各地で開催されました。
同年10月には、伊勢航空基地(三重県伊勢市)と常滑海上保安署(常滑市セントレア)を統合し、航空基地機能と保安部署機能を併せ持つ全国で2番目となる中部空港海上保安航空基地を設置しました。
翌年3月26日、鳥羽海上保安部に巡視船いすずが就役し、当管区では昭和55年3月に就役した巡視船すずか以来約30年ぶりの巡視船の就役となりました。解役した旧巡視船いすずは昭和51年3月に就役し、33年間で約720回の海難に出動し、336人を救助しました。