管理課では、職員の業務遂行及び巡視船艇業務を円滑に推進することを重点に、巡視船艇との連携を密にして、人事管理はもとより、予算の効率的な使用及び適切な物品の管理、国有財産の管理に努めています。 　また、地域との連携を図り、常に地域社会に密着した海上保安業務を目指し、海陸職員が一体となって広報・地域連携活動や職員採用活動などを積極的に実施しています。 　 　管理課には総務係・渉外係の２係が設置されており、それぞれの主たる業務は次のとおりです。
総務係  　　総合窓口業務 　　 海上保安大学校、海上保安学校学生  　　採用試験募集事務  　　有資格者採用試験募集事務  　　職員の服務、給与、福利厚生事務 　　国有財産管理業務	渉外係 　　 広報業務 　　物品管理業務  　　施設の修繕工事に関する事務  　　補給業務