江差海上保安署は函館海上保安部の下部組織として昭和２５年６月に
函館海上保安部江差警備救難署が発足し署員２名勤務となり、翌年に
は巡視艇２隻が配備されております。以後昭和３０年に江差海上保安署
となり、昭和３８年から巡視船が配備されて現在にいたっております。
奥尻海峡はオホーツク海・日本海と太平洋を行き交う船舶の航路及び避泊場所として多くの外国船舶が通行しており、同付近海域での領海侵犯及び外国船舶の密航・密輸・違法操業等の監視、警戒に努めております。
檜山管内沿岸は対馬暖流が流れ、アジア各地の国名の付いたゴミが漂着しています。このため、檜山地域の海岸に面する小学校と協力して「未来に残そう青い海」をスローガンに海岸清掃とゴミの分析及び海洋環境保全授業を進めているほか、船舶等からの汚水、油等の違法な排出などによる海洋汚染防止指導及び啓蒙活動を行うとともに取締りを強化しています。
檜山地方は魚の宝庫で漁船に加えて遊漁船が多く、海上事故等による死亡、行方不明者ゼロを目指して漁業関係者等に対て 救命胴衣の着用励行等の海難防止指導を行っています。
また、万一海難が発生した場合に備え、隣接部署の巡視船・航空機との連携による救助体制をとりながら、沿岸近くの海難等には日本水難救済会檜山支部の各救難所（６救難所）の出動を考慮して、各救難所の人命等救助訓練にも努めています。
江差港には江差港マリーナがあり、近隣の漁港にも釣クラブ等が多数あって年間多くの利用者で賑わっております。このため、船舶の航行安全及び事故発生時の対処等に関する指導を行っております。
江差港マリーナは地元関係者だけではなく、遠く札幌方面の利用者もあるため同マリーナの管理者である江差町と協力して「救命胴衣着用モデルマリーナ」と位置づけ、利用者には救命胴衣の着用を積極的に指導しております。
江差及び青苗港で工事・作業を行う場合には、許可申請が必要です。
また、この２港以外の港又は海上で工事・作業を行う場合には、届出を江差海上保安署にお願いいたします。
